С падением в 552г. господства жужаней в Центральной Азии возникает новое временное военно-административное объединение — Тюркский каганат — центром на Алтае. Но вскоре он перемещается отсюда в Монголию, в долину р. Орхон. К 70-м гг. территория каганата расширяется, его границы доходят на запад до Аму-Дарьи, до Кавказа и Аральского моря в Восточной Европе и до Большого Хинганского хребта — на востоке. Широко распространилась и господство каганата: от Китая до границ Ирана и Византии. Ему подчинялись Согдиана и болгарско-хазарские пле-мена, обитавшие между Волгой и Азовским морем. Его политическую мощь вынуждены были признать Китай и Византия. Однако положение вскоре изменилась. Под ударами межусобиц и извне каганат распался в 588г. на Западный (с центром в Семиречье) и Восточный (с центром в Монголии). Но просуществовали они недолго. В 630г. восточные тюрки были порабощены Китаем, в 659г. такая же участь постигла и их западных сородичей. Однако первые не смирились с поражением. В 682г. они поднимают под руководством хана (кагана) Ильтереса (Гудулу — по китайки) восстание и освобождаются от китайского ига. Так вышел на арену Второй Тюркский каганат, просуществовавший на ней более 50 лет. Но постоянное противоборство с уйгурами, внутренние распри подточили устои государства и оно пало в 745г. под ударами уйгуров, к которым и перешло гос-подство в восточной части Центральной Азии. Их возвышение связано с именем хана Пэйло. Добившись победы над тюрками, он переносит свою ставку с юга на север — между Орхоном и отрогами Алтая — и устанавливает тесные связи с Китаем. Преемники Пэйло, присоединив к себе Южную Сибирь и другие земли, превратили Уйгурское ханство в мощное политическое образование, с которым вынужден был считаться даже Китай, то и дело прибегавший к помощи «северного соседа» для разрешения своих внутренних дел.

В конце 80-х-начале 90-х гг. наметился упадок гегемонии уйгуров. Он был обусловлен двумя причинами: внутренними раздорами и иноземными вторжениями, главным образом — тибетцев. Усилившись, они начали в 755г. наступление на уйгуров. Не последнюю роль в гибели их государства — сыграли и стихийные бедствия конца 30-х гг. IХ в.. Окончательное падение ханства предопределило поражение, которое нанесли ему в 840г. енисейские кыргызы. Именно с этого момента и стало утверждаться их владычество в восточной части Центральной Азии. С подвластных племен, в т.ч. и алтайских, кыргызы взимали дань пушниной (белками и соболями) и изделиями из железа.

Но их господство было недолгим. В начале Х в. оно переходит к кытаям ( «кара-китаям») или киданям. В середине ХI в. их владения простирались до Алтая. Устное народное творчество алтайцев сохранило предание о том времени. Одно из них повествует о покорении алтайцев кытаями и об уводе их с Алтая. Напоминают о той эпохе также и остатки оросительных систем, паромных переправ, сохранившихся в разных местах края. К концу ХII в. могущество захватчиков ослабило и на политическую арену Центральной Азии выходят монголо-язычные найманы, жившие между Хангайскими и Алтайскими горами и частично — в отрогах Алтая. Попавшие в сферу их влияния алтайские племена были обложены традиционной данью. Конец найманскому господству положили монголы. Разгромив в 1204г. своих соперников, они подчинили себе огромную территорию, западная граница которой простерлась до Иртыша. Насельника Алтая оказались в «тьме нойона Хорчы» — давнего сподвижника Чингисхана. После его смерти (в 1227г.) монгольская империя разделилась на два удела. Алтай попал в «Джучиев Улус» и находилась в нем до конца ХIII в.. В начале ХIV в. Улус Джучи (старшего сына Чингисхана) распадается — в результате междоусобных воин — на две части. Алтайские племена оказываются в составе Белой Орды, а спустя 100 лет (к началу ХV в.) после ее распада — в составе Сибирского ханства.